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1.食源微生物

1.1 Multiplex bacteria detection using one-pot CRIS-PR/-Cas13a-based droplet microfluidics

1.2Rapid detection of Salmonella with RecombinaseAided Amplification

1.3不對稱重組酶介導擴增結合分子信標檢測金黃色葡萄球菌方法的建立與應用

1.4重組酶介導擴增技術快速檢測沙門菌方法的建立

1.5重組酶介導擴增方法快速檢測A族乙型溶血性鏈球菌

1.6CRISPR-Cas13a 結合重組酶介導的擴增快速檢測副溶血性弧菌方法的建立

1.7 CRISPR-Cas13a輔助RAA快速檢測金黃色葡萄球菌的研究

1.8重組酶介導等溫核酸擴增方法快速檢測土壤沙門氏菌

1.9重組酶介導等溫擴增技術檢測哈維氏弧菌

1.10動物源性食品中致病微生物的快速PCR檢測

2.綜述

2.1重組酶等溫擴增技術在分析檢測中的應用研完進展

Multiplex bacteria detection using one-potCRISPR/Cas13a-based droplet microfluidics

Abstract:High-throughput detection of bacteria at low levels is critical in public health,food safety,and first response.Herein,for the first time,we present a platform based on droplet microfluidics coupling with the recombinasealded amplification(RAA)-assisted one-pot clustered regularly interspaced short palindromic repeats togetherwith CRSPR-associated proteins 13a(CRISPR/Cas13a) assay,and droplet encoding strategy for accurate andsensitive deter mination of nudeic adidsfrom various foodborne pathogens.The workflow takes fulladvantageof CRISPR/Cas13a signal amplification and droplet confinement effects,which enhancesthe detection sensitivi-ty and enables end-point quantitation.Meanwhile,by varying the color of droplets,the number of bacteriadetectedatthe same time is greatly improved.Ilt possesses the capability to simultaneously detectseven differ-ent types of foodborne pathogens.Notably,the system is also applied to real food samples with satisfactoryresults.Overall,in view of superiorities inhigh sensitivity,outst anding selectivity,and large-scale multiplexing,the one-pot CRISPR/Cas13a-based droplet microfluidic system could be expanded and universalized for identi-fying other bacteria.

Key words:Bacterla,Multiplex detection,RAA,One-pot CRSPR/Cas13a assay,Droplet microfluidics,Drapletencoding.

Rapid detection of Salmonella withRecombinase Aided Amplification

Abstract:Rapid Salmonella detection using Recombinase Aided Amplification was established.The reactioncompletes in20 min at 39 ℃ and can be performed with a portable device.Once further impraved,this methodshould be a great choice for monitaring contamination,such as foodborne Salmonella or for similar purposes.

Keywords:Salmonella,Re combinase Aided Amplification,Foodborne,Food safety.

不對稱重組酶介導擴增結合分子信標檢測金黃色葡萄球菌方法的建立與應用

摘要：目的建立一種基于重組酶個導擴增技術(RAA)與分子信標相結合的病原菌恒溫快速檢測方法。方法方法學的建立。通過金黃色葡萄球菌A蛋白(SPA)所對應的基因設計相應引物及分子信標探針，不斷調整引物濃度比例以確定最住引物濃度比來進行不對稱擴增，利用不對稱重組酶介導擴增并與分子信標探針雜交,通過瓊脂糖凝膠電泳及熒光采集觀測結果。將陽性質粒以10倍的梯度稀釋，檢測該方法的靈敏度。利用該RAA雜交法檢測大坪醫院檢驗科微生物室保存的2016年12月的72株包含金黃色葡萄球菌及葡萄球菌屬其他種細菌的菌株，以檢測該方法的特異性。在特異性實驗基礎上添加我室保存的2016年12月的39其他菌株進行 Kappa一致性檢驗及臨床診斷效能評價。結果當限制性引物與非限制性引物的濃度比例在1:20時，產生單鏈DNA(SSDNA)的效率最高。不對稱RAA擴增與分子信標探針雜交的效率明顯高于對稱擴增。該方法的靈敏度為20拷貝/ul。RAA雜交法能夠將金黃色葡萄球菌與萄球菌屬其他菌株區分，與傳統金標準相比Kappa為0.860，一致性良好。經過對111株菌株的檢測,該方法敏感度為92.5%(37/40)，特異度為97.2%(691/71)，陽性預測值為94.9%(37/39)，陰性預測值為95.8%(69/72)，陽性似然比為33.04，陰性似然比為0.077,約登指數為0.897。與傳統金標準相比,Kappa為0.902,兩種方法一致性良好。結論通過對不對稱RAA擴增條件的優化及與分子信標探針的結合，建立了RAA雜交技術檢測細菌DNA的新方法，為恒溫擴增應用于臨床奠定基礎。(中華檢驗醫學雜志，2017，40:309-313)

關鍵詞：金黃色葡萄球菌；核酸擴增技術；分子探針

重組酶介導擴增技術快速檢測沙門菌方法的建立

摘要：目的采用重組酶介導核酸擴增方法(Recombinase aided amplification,RAA)，建立沙門菌快速檢測方法。方法根據沙門菌的 invA 基因設計引物和探針，通過構建含目的基因片段的質粒分析RAA方法的靈敏度，通過檢測大腸桿菌、志賀菌驗證方法的特異性，并檢測沙門菌陽性樣本進行驗證。結果建立的方法在39℃下進行，檢測時間在20 min以內，檢測下限為102拷貝ul，與大腸桿菌、志賀菌無交叉反應，特異性良好。結論建立的RAA檢測方法具有快速、靈敏、特異以及操作簡便等特點,適用于沙門菌的快速檢測。

關鍵詞：沙門菌；重組酶介導擴增；分子檢測